Naturwissenschaftlichen Sammlungen
Mit der Gründung des Ferdinandeums im Jahre 1823 wurde der Erforschung der Naturbesonderheiten des Landes eine zentrale Rolle zugewiesen. Zahlreiche wertvolle Legate stammen aus den ersten Jahren des Bestehens des Museums (z.B. Mineralogie, Geologie, Botanik, Wirbeltiere). In den 80er Jahren des vorigen Jahrhunderts rückte der Arbeits- und Sammlungsschwerpunkt des Ferdinandeums immer mehr in den Bereich Geschichte / Kunst, dies führte zu einem vorübergehenden Niedergang der naturwissenschaftlichen Fachrichtungen am Museum. Seit etwa 1970 spielen die Naturwissenschaftlichen Sammlungen wieder eine bedeutende Rolle. Zahlreiche ausgezeichnete Sammlungen konnten erworben werden. Die systematische naturkundliche Landesdokumentation wurde wieder aufgenommen. Es wurden mehrere wissenschaftliche Arbeitsgemeinschaften gegründet. Wissenschaftlicher Sammlungs- und Arbeitsschwerpunkt war - neben der Botanik und der Molluskensammlung - vor allem die Entomologie (Insektenkunde). Das Museum besitzt heute eine umfangreiche Sammlung alpiner und europäischer Käfer (ca. 390.000 Exemplare) und mit über 600.000 Exemplaren die weltweit vollständigste Dokumentation über alpine Schmetterlinge. Die internationale Bedeutung des Ferdinandeums als Weltmetropole der alpinen Schmetterlingsforschung dokumentiert sich auch in einer umfangreichen Publikationstätigkeit und in der Entdeckung von etwa 50 neuen und bisher unbeschriebenen alpinen Arten.
Die Naturwissenschaftlichen Sammlungen sind ein Dokumentationszentrum für Tiroler Säugetiere, Tiroler Vogelarten, Alpine Schmetterlinge und Käfer, Mollusken des Alpenraumes, es gibt eine mineralogische und geologische Datenbanken, ein zentrale Datenbank über die Flora von Tirol und Vorarlberg, eine Dokumentationen über andere Gruppen von Wirbellosen, es werden die Artenbeständen als Grundlage für die wissenschaftliche Bearbeitung dokumentiert, es werden laufend die "Roten Listen" gefährdeter Tier- und Pflanzenarten Tirols erweitert, neben der Freilandforschung, wird publiziert, Sonderausstellungen durchgeführt, Führungen, Vorträge, Exkursionen, Kurse organisiert.
Sammlungsraum ist das Bundesland Tirol, Südtirol, Trentino Gesamtalpenraum und andere europäische Hochgebirgsregionen (alpine Lebensräume).
Erdwissenschaftliche Sammlung: Mineralogische Sammlung, Petrographische Sammlung , Geologische Sammlung mit Gesteinsproben des Geognostisch-Montanistischen Vereins für Tirol und Vorarlberg, Paläontologische Sammlung, Botanische Sammlung: über 350.000 Belege des Hauptherbars des Ferdinandeums, Kryptogamen (Sporenpflanzen), Phanerogamen (Samenpflanzen), Historische Herbare, Pflanzenaquarelle, Zoologische Sammlung: Wirbeltiere: Säugetiere, Vögel, Fische, Amphibien, Reptilien; Wirbellose: weltweite Molluskensammlung: ca. 3.500 Arten in ca. 200.000 Exemplaren. Land- und Süßwassermollusken, Meeresmollusken. Insekten: ca. 390.000 Käfer über 600.000 alpine Schmetterlinge, Sammlungen aus anderen Gruppen, Säugetier-, Vogeldermoplastiken und -bälge Alkoholpräparate, Skelettsammlung, Eiersammlung, Milbensammlung, Tartigradensammlung , Spezialsammlungen "orbis terrarum": Mollusca des Alpenraums, Tenebrionidae Schwarzkäfer), Zygaenidae (Widderchen), Alpenspezialsammlung Burmann (Schmetterlinge) , Forstentomologische Sammlung Wachtl und Historische Sammlungen aus der Gesamtpaläarktis